むかしむかし、私たちとは異なる歴史を辿った長崎で……。
信じていたものに裏切られ、卑劣な罠にかかり、許婚の父を手にかけてしまった雷蔵。
許されない罪を背負い、自らも絶体絶命の危機に陥ったところを、「よろず利便事りべんごと引受け」の何でも屋に救われる。
実は、彼らの正体は力なき人たちの復讐を代行する殺し屋、「REVENGER」だった。
優雅な蒔絵師・幽烟。元海賊の町医者・徹破。両性具有の少年・鳰。その日暮らしの博打打ち・惣二。
半ば拾われる形で、雷蔵は一癖も二癖もある殺し屋たちの仲間になることに。
生まれも育ちも主義も主張もバラバラな５人の間に、命がけの仕事を通じて奇妙な友情が生まれていく。

やがて、長崎で起きた事件の真相を追う中で、彼らは大きな陰謀に巻き込まれる─。