前作から１０年後の世界。シュワルツェネッガー演じる、未来のジョンから送り込まれたＴー８００型ターミネーターが、過去のジョンを殺害するために送り込まれた最強の敵、Ｔー１０００型ターミネーターと対決する！
大学生だったサラ・コナーは女戦士となり、息子のジョンを産むが、精神病を疑われ病院に強制入院させられる。そして、養父母に引き取られたジョンを抹殺すべく、未来から最新型ターミネーターが送り込まれる。