平和な田舎町を大パニックに陥れた事件から数年後。今度は舞台をニューヨークに移し、またもやモグワイを飼うためのルールが破られたことで巻き起こる大騒動を描く。
大物実業家クランプの開発の手は、ギズモのチャイナタウンにも伸びていた。なんとか逃げ出したギズモだが、今度は超ハイテクビルの遺伝子研究室に捕らわれる。そして、またもや水をかぶってしまい……！