複合商社・ウェルブラックコーポレーション営業部二課、課長の薮隣一郎は筋金入りの社畜人で、新入社員の倉良優一、高柳星翔たちに社畜教育を施し、彼らを会社の歯車と呼ぶ。一方、倉良たちの一年先輩で二課唯一の女子社員・七瀬杏梨は薮推しで、薮の仕事ぶりに熱い視線を送る。そんなある日、厳しい営業ノルマに音を上げて疲労のあまり意識が遠のいた倉良は謎の異空間・社畜の園へと導かれてしまう。

退職代行サービスを使って会社を辞めようとする高柳に対して薮は退職拒否代行サービスを使って阻止しようとする。そして位置情報で高柳の居場所を突き止めた薮と倉良は逃げる高柳を追いかけまわす。息を切らして倒れ込んだ高柳に、薮は優しい言葉をかけ熱い眼差しで手を差し伸べる。思わずその手を取ろうとした高柳に、薮は手錠をかけて強引に会社に連れ戻す。

最近、営業先との電話でハイテンションなやり取りを続ける高柳の事を不審に思った薮は、倉良に高柳を監視するよう依頼する。そして、ウキウキした様子でこれから外回りするという高柳が用意した謎の営業用資料を見て、不安を覚えた倉良は同行を申し出る。二人が訪れた営業先の熊田スポーツジムで、女性インストラクターで専務の熊田勇子に会った倉良は、高柳が何故浮かれていたのかを理解する。

高柳たちが提案したジムの集客計画に猛反発した社長の熊田剛が娘の勇子と口論になると、近くのマシーンから立ち上がった薮が割って入り、契約のためにジムの会員数アップを全力でサポートすると宣言する。会社に戻った薮たちは、ジムが狙うべき新規顧客層は女性であると結論付け、倉良と高柳は、七瀬に女性ならではの意見をヒアリングするなどして、あるイベントの開催を思いつく。

ある日、薮が打合せで外出した直後に、社長の黒園が営業部二課に小学校の女性教師を連れてきて、これから社会科見学で三年生の男女五人が来ると告げる。その名簿に娘・里奈の名前を見つけた角田は慌てふためく。実は角田は娘に何故仕事ばかりするのかと問われ、「最近課長に昇格したから忙しい」と嘘をついていたのだ。倉良たちは角田に頼み込まれ、やむなく娘の前で一日限定の角田課長を演じさせることにする。

会社のデスクでパソコンを見ていた逢坂がＳＮＳにアップされた藪の社畜ぶりがわかる内部リークらしき動画を見つける。翌日、「週刊スクープ」の名物女性記者から突撃取材依頼を受けた社長の黒園は、対応を倉良に任せる。営業部二課のブラック臭を消すために倉良たちは慌てて室内を片付け、何とか女性記者をごまかそうとするが、そこへ今日は一日中外回りだったはずの薮が帰ってきてしまう。

社内掲示板に辞令が張り出され、課長の薮よりもランクが下であった只志野が営業部次長に昇格する。不審に思った社員たちに対して部長の菰田は、辞令は正式に会社から下ったものだから皆で只志野次長を支えるようにと告げる。只志野は早速働き方改革として、残業、休日出勤は一切なしの定時退社でプライベートを充実させる「営業部リア充化計画」を発表し、社員たちの定時で終わらなかった仕事を全て薮一人に押し付けてしまう。

只志野から押し付けられた仕事量の多さに、さすがの薮も疲労困憊となる。そんなある日の定例会議で、只志野の命により薮が担当することになった新規サプリのエビル社との共同開発案件が、部長の菰田の承認を得て通り、エビル社から事前に求められた高額の出資金の支払いも了承される。この案件は怪しいと睨んだ倉良だが、うっかり新規サプリのサンプルを飲み込んでしまい、社畜の園へと導かれてしまう。

怪しい社畜サプリが世に出るのを阻止すべく、倉良と高柳はエビル社との共同開発に至ったそもそもの経緯を調べるために、只志野をおだてて話を聞き出そうとするが、只志野は簡単には口を割らない。そこで、二人は薮の生態に詳しい七瀬からパスワードなどの情報を得て、薮が完全に睡眠に陥る深夜の僅かな時間帯に薮のパソコンから、エビル社案件のデータを抜き出そうとする。

菰田部長の不祥事の後処理のためにしばらくの間出社せず外回りとなった薮から、七瀬はプレゼンの準備を引き継ぐが、空席となった薮のデスクを見つめてモチベーションが上がらない。その夜、久しぶりに会った親友二人との女子会での会話で、七瀬は自分が何のために仕事ばかりしているのかに疑問を持つ。翌日、倉良たちは、プレゼンの準備が捗らない七瀬を心配して励まそうとするが上手くいかない。そこへ、薮から七瀬に進捗確認の連絡が入る。

倉良の昔のバンド仲間で、今はカリスマミュージシャンとなったＩＳＳＥＹから倉良に連絡があり、もう一度一緒に音楽をやらないか？と誘われる。翌日、社内掲示板に辞令が張り出され、営業部長に疎井が就任する。疎井はどんな些細な事でも一々部下を電話で呼び出して指図する電話魔と呼ばれ、倉良と高柳が早速電話責めの洗礼を受ける。そんな二人に対して、薮は困った上司への対処法を伝授すべく二人を連れて疎井の元へ向かう。

もう一度音楽の道を目指すべく、倉良が退職願を持って出社すると、緊急会議が行われ、営業部二課の重要な取引先が疎井部長の酒席での失言に激怒し、契約を継続しないと通告してきた、と社長の黒園から報告があった。しかし、薮が何とか取り計らい、今後の海外市場開拓の提案書の内容が良ければ契約を継続するという約束を取り付けてきたので、二課一丸となって提案書作成に取り掛かり、倉良もこの難局を乗り越えるまでは会社を辞めず協力すると決心する。