影、ふたたび！伊賀の服部半蔵の血を受け継いだ柘植新八（千葉真一）をはじめとする【影の軍団】は、悪政による弊害から人々を守るために、今、“光”となる。二百年の屈辱を晴らすときが……ついに来た！西日本で流行した奇病が、江戸にも蔓延し始めていた。三日のうちにコロリと死んでしまうことから、この奇病は「三日コロリ」と言われた。そんな騒動の中、北町奉行所の役人たちが、コロリの予防薬と称する薬を飲まされて死亡する事件が発生する。辛くも生き延びたのは、筆頭与力の能勢甚四郎ただ一人であった。能勢を甲斐甲斐しく看病しているのは恋仲のお染。能勢は、犯人の目的は自分を殺すことだったのではないかと推理する。