影、ふたたび！伊賀の服部半蔵の血を受け継いだ柘植新八（千葉真一）をはじめとする【影の軍団】は、悪政による弊害から人々を守るために、今、“光”となる。ひとりの娘と母を犠牲にして、何の政か！高名な呉服問屋・丸定屋の一族が、謎の尼僧軍団により皆殺しに。次いで、海産物問屋も襲撃に遭う。事件の背後に大岡がいるのは間違いなかった。大岡は己の権勢のため、自分に献金する商人に便宜を図り、拒む商人は刺客を使い手にかけていたのだ。次なるターゲットは、女主人・おせいの呉服問屋・松屋。しかし、刺客の千草は、おせいが自分の生みの親とは知らない。そして、丸定屋の二代目主人助左衛門とおせいはかつて夫婦だった。