影、ふたたび！伊賀の服部半蔵の血を受け継いだ柘植新八（千葉真一）をはじめとする【影の軍団】は、悪政による弊害から人々を守るために、今、“光”となる。俺たち忍びに墓はないんだ。弔いは自分の心の中で済ませておけ……！伊賀のくノ一で、女郎に身を落としていたお芳が殺された。頭領・柘植新八の所在を聞かれたが、敵に教えなかったために命を奪われたお芳の亡骸は、烏ケ森の樹の上に見せしめとして吊るされていた。新八は、これを罠だと察知し、軍団員たちに森へ行かないように命令するが、竜吉が行ってしまう。これによって、敵は新八の居場所が「やまびこ」もしくはその付近であると知ったにちがいない――。新八たちが敵の急襲に備える中……。

影、ふたたび！伊賀の服部半蔵の血を受け継いだ柘植新八（千葉真一）をはじめとする【影の軍団】は、悪政による弊害から人々を守るために、今、“光”となる。父は……悪魔に魂を売り渡してしまったんです。残忍な手口の盗賊集団・赤竜党が世間を震え上がらせていた。そんなとき、旗本・青山頼母の娘・さとと名乗る女が、平賀源内に外科手術の依頼にやって来た。研究途上のため手術は控えたい、と一度は断った源内だが、さとの強引さに、診察だけという条件で、青山頼母の屋敷へ赴くことにする。「青山頼母」が偽名であり、実はその男が赤竜党の首領・玉名玄竜であることなど、そのときの源内には全く知る由もなかった――。